Сумеречная дева и амнезия

Однажды Тейичи Шинтани, первокурсник, встречает загадочную студентку, которая блуждала в старом здании школы. Она утверждает, что является «призраком старого школьного здания», зовут ее Юко, она предлагает сотрудничать с Тейичи, чтобы узнать правду о ее смерти. Парень, которого начал вести призрак девушки за собой, находит скелетированный труп Юко в подвале, спрятанном за «Окагами старого школьного здания». Однако Юко не помнит причину смерти даже видя свой труп и теперь предстоит начать расследование чтобы докопаться до правды. Для этого Тейичи основывает школьный кружок "Отдел тайных расследований", чтобы выяснить различные таинственные явления, происходящие в школе, а также выяснить причину смерти Юко.